Indonesia và Việt Nam hiện không có tranh chấp lãnh thổ. Tuy nhiên, liên quan đến tranh chấp tại biển Đông, Indonesia ủng hộ và kêu gọi các quốc gia ASEAN (bao gồm cả Việt Nam và Philippines) đoàn kết và tái khẳng định Tuyên bố về Ứng xử (DOC) của các bên liên quan, cần phải xác nhận lại các hướng dẫn, Quy tắc ứng xử (COC) ở Biển Đông (Biển Đông) và sự cần thiết phải tôn trọng luật pháp quốc tế và Công ước Liên Hợp Quốc về Luật Biển (UNCLOS).

Trong những năm gần đây, các tàu cá Việt Nam bị bắt vì cáo buộc đánh bắt cá trong Vùng đặc quyền kinh tế của Indonesia đã bị đánh chìm, với 96 tàu bị chìm trong suốt năm 2016, con số lớn nhất so với các nước láng giềng khác. Tổng thống Indonesia bày tỏ mong muốn giải quyết các vấn đề EEZ cho người đồng cấp Việt Nam trong hội nghị thượng đỉnh G20 Hamburg 2017, trong đó Việt Nam là khách mời.